县境内水系发育，受地质构造及地貌形态的控制，主要河流有过境河金沙江及其一级支流鲹鱼河、大桥河、铁厂河、岩坝河等共计45条，二、三级支流458条，皆以金沙江为轴线，呈半羽状分布，由北向南汇入金沙江。过境河金沙江自西向东流经境内铁柳镇、乌东德镇、淌塘镇、老君滩乡、满银沟镇、野牛坪乡、溜姑乡、鲁吉镇和大崇镇共9个乡镇，流长152.9公里，平均比降2‰，其多年平均年径流量1210亿立方米，水能理论蕴藏量1000万千瓦。“千里滩王”老君滩就在境内的乌东德镇至淌塘镇江段。发源于会理县马宗乡的鲹鱼河，在会东境内流长59.8公里，流域面积813平方公里，占全县幅员面积的28.57%。其中下游有野租河、小岔河、嘎吉河、龙滩河、铁柳河等支流32条，河水丰富，但枯、丰水量悬殊，境内天然落差900米，水能蕴藏量19.3万千瓦。发源于本县马龙乡鲁南山老村垭口的大桥河，全长69.6公里，集水面积803.4平方公里，占全县总面积的24.9%，有双河、岔河、木城河、三岔河、大龙河等支流46条，多年平均径流11.41立方米每秒，水能理论蕴藏量12.54万千瓦。2016年底全县已开发建成水电装机67座126台192555千瓦，占水能资源可开发量的55.8%。